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Paul Bastide, doctorant du Département MIA, lauréat 2018 du prix de thèse de la Société Française de Statistique

Lors des 50èmes Journées de Statistique organisées par la Société Française de Statistique, le prix Marie-Jeanne Laurent-Duhamel a été décerné à Paul Bastide, pour son travail de thèse effectué dans l’unité MIA-Paris sous la double direction de Stéphane Robin (INRA, MIA-Paris) et Mahendra Mariadassou (INRA, MaIAGE).

Photo de Paul Bastide © MIA
Mis à jour le 05/07/2018
Publié le 05/07/2018

Destiné à valoriser la qualité du travail de thèse d'un jeune statisticien francophone, le prix Marie-Jeanne Laurent-Duhamel est décerné deux années sur trois, en alternance avec le prix Pierre Simon de Laplace : la première année, le prix est décerné pour distinguer une contribution notable à la statistique mathématique et l'année suivante, il concerne un travail de statistique appliquée.

Paul a été récompensé pour son travail de recherche appliquée sur les Modèles de processus stochastiques avec sauts sur arbres, appliqués à l'évolution adaptative sur des phylogénies. En écologie comparative et évolutive, les traits quantitatifs d’un jeu d’espèces actuelles peuvent en effet être modélisés comme le résultat d’un processus stochastique courant le long d’un arbre phylogénétique. Cette thèse a été financée par une allocation doctorale AMX, ainsi que par une bourse de la Commission Franco-américaine Fulbright, qui a permis l’établissement d’une collaboration fructueuse avec Cécile Ané, professeure aux départements de Statistique et Botanique de l’Université du Wisconsin – Madison.

 Paul s’est  tout d’abord attaché à proposer une méthode pour détecter des sauts adaptatifs dans la valeur des paramètres du processus, qui peuvent mettre en évidence une réponse adaptative rapide à un changement d’environnement. Il a ensuite étendu cette méthode au cas de traits multivariés pour lesquels on mesure pour chaque espèce non pas une seule, mais plusieurs caractéristiques, éventuellement corrélées. Pour pouvoir prendre en compte les phénomènes d'hybridation ou de transferts de gènes horizontaux qui s’accompagnent parfois d’un saut, l’hybride ayant alors un trait d’une valeur exceptionnelle par rapport à celles de ses deux parents (évolution transgressive ou hétérosis), il a enfin proposé l’adaptation du modèle précédent au cas des réseaux phylogénétiques.

Cette thèse a donné lieu :

  • à plusieurs publications :
    • P. Bastide, C. Solís-Lemus, R. Kriebel, K.W. Sparks, C. Ané (2018): Phylogenetic Comparative Methods for Phylogenetic Networks with Reticulations. Systematic Biology. doi:10.1093/sysbio/syy033
    • P. Bastide, C. Ané, S. Robin, M. Mariadassou (2018): Inference of Adaptive Shifts for Multivariate Correlated Traits. Systematic Biology, 67(4), 662–680. doi:10.1093/sysbio/syy005 
    • C. Solís-Lemus, P. Bastide, C. Ané (2017). PhyloNetworks: a package for phylogenetic networks. Molecular Biology and Evolution, 34(12), 3292–3298. doi:10.1093/molbev/msx235 
    • P. Bastide, M. Mariadassou, S. Robin (2017). Detection of adaptive shifts on phylogenies by using shifted stochastic processes on a tree. Journal of the Royal Statistical Society: Series B (Statistical Methodology), 79(4), 1067–1093. doi:10.1111/rssb.12206 
  • à un logiciel: PhylogeneticEM: Automatic Shift Detection using a Phylogenetic EM (package R)
  • et à l’ajout d’une fonction au package PhyloNetworks (package Julia)

Paul Bastide (paul.bastide@kuleuven.be) est actuellement post-doctorant en statistique à l’Université  KU Leuven (Belgique), sous la direction de Philippe Lemey (KU Leuven, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology) et Marc Suchard (Université de Californie à Los Angeles, Département de Biomathématiques http://www.biomath.ucla.edu/) pour étudier les méthodes comparatives phylogénétiques bayésiennes appliquées en virologie, dans la continuité de ses travaux de thèse.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Mathématiques et informatique appliquées
Centre(s) associé(s) :
Versailles-Grignon